Uno de los lugares esenciales de la vida de la Santa es el Monasterio de la Encarnación donde permanece casi ininterrumpidamente desde 1535 hasta 1574.

El Monasterio de La Encarnación había nacido como un beaterio fundado por Doña Elvira González de Medina en 1478 junto a la puerta de San Vicente, poco después se trasladó a la antigua calle del Lomo y en 1510, siendo priora Doña Beatriz de Guiera, se trasladaron al lugar actual, convirtiéndose en religiosas con votos.

Cuando Teresa de Cepeda, sin permiso paterno, ingresa en la Orden del Carmen, el monasterio era uno de los más poblados de la ciudad. Contaba con un número muy elevado de bienes, y al igual que en otros muchos, la vida de convento no era rigurosa y existían diferencias sociales muy acusadas entre las monjas. En La Encarnación recibe los consejos de Francisco de Borja, de Juan de la Cruz y de Pedro de Alcántara y desde aquí se prepara la Reforma del Carmelo.

La iglesia fue reformada en época barroca. Hay un interesante museo teresiano.